La segunda temporada comienza a tratar el desarrollo de los personajes, incluyendo Sheldon cada vez más obsesivo y con una característica de falta de comprensión de la ironía. La relación de Leonard y Penny da un giro a peor cuando rompen, pero rápidamente se ha resuelto, progresando hacia una amistad más fuerte que antes. La amistad de Sheldon y Penny comienza lentamente. El carácter de Howard sigue siendo similar a la de la Primera Temporada en sus intentos de seducir a las mujeres, mientras que Rajesh logra brevemente hablar a Penny sin haber consumido alcohol.
2 - 1El paradigma del pescado malo Sep. 22, 2008
2 - 2La topología Codpiece Sep. 29, 2008
2 - 3La sublimación bárbara Oct. 06, 2008
2 - 4La equivalencia del grifo Oct. 13, 2008
2 - 5La alternativa euclídea Oct. 20, 2008
2 - 6El teorema de Cooper-Nowitzki Nov. 03, 2008
2 - 7La polarización panty piñata Nov. 10, 2008
2 - 8La expansión de Lizard-Spock Nov. 17, 2008
2 - 9La triangulación del espárrago blanco Nov. 24, 2008
2 - 10El rompecabezas Vartabedian Dec. 08, 2008
2 - 11La hipótesis del regalo del artículo de baño Dec. 15, 2008
2 - 12La inestabilidad del robot asesino Jan. 12, 2009
2 - 13El algoritmo de la amistad Jan. 19, 2009
2 - 14La permeabilidad financiera Feb. 02, 2009
2 - 15La capacidad maternal Feb. 09, 2009
2 - 16La saturación del cojín Mar. 02, 2009
2 - 17El desenganche Terminator Mar. 09, 2009
2 - 18La canción del nanoracimo Mar. 16, 2009
2 - 19La yuxtaposición de la puta muerta Mar. 30, 2009
2 - 20El isótopo Hofstadter Apr. 13, 2009
2 - 21La renormalización de Las Vegas Apr. 27, 2009
2 - 22La turbulencia de los materiales clasificados May. 04, 2009
2 - 23La expedición monopolar May. 11, 2009